До 29 октября на сайте «Следственная тюрьма НКВД», созданного при участии «Мемориала», можно было искать по фамилиям раскулаченных крестьян, спецпереселенцев и людей, которых осудили «тройки» НКВД. По оценке самого музея, его электронная база содержала сведения почти о 200 тысячах человек, а также архивные документы, лагерные воспоминания и семейные истории, которые присылали потомки репрессированных.
Архив находился по адресу nkvd tomsk ru. В 2022 году, после реконструкции музея, для афиши, записи на экскурсии и продажи билетов запустили другой сайт, но архив с упомянутыми свидетельствами оставался на прежнем адресе еще четыре года, пока не исчез 29 октября — накануне последнего Дня памяти жертв политических репрессий.
Спустя неделю музей объявил, что будет публиковать актуальную информацию на новом сайте: hist-memory. На нем нет ни архива, ни упоминания историка Василия Ханевича — одного из основателей музея, который работал в нем больше 35 лет и ушел только в прошлом году. По информации ТВ2, не по своей воле. С 2019 года центром руководил не Ханевич, а бывший сотрудник ФСБ Валерий Уйманов.
